Vzorky pro elektronovou mikroskopii nesmí obsahovat vodu, protože jsou ve vysokorozlišovacím elektronovém mikroskopu vystaveny vysokému vakuu a z mokrých preparátů by se voda bouřlivě uvolňovala. Kromě degradace preparátu by rovněž srážky urychlených elektronů smolekulami vody značně ovlivnily obraz. Proto je nutné biologickýmateriál, který obsahuje vysoké procento vody, před pozorovánímvmikroskopu upravit tak, aby žádnou vodu neobsahoval. Existuje několik přístupů, jak na vodu bohaté preparáty připravit:

• Vyschnutí substrátu na vzduchu (nejjednodušší, avšak v důsledku působení povrchového napětí dochází často k destrukci vzorku).
• Chemická fixáž (cílemje zachovat buněčnou ultrastrukturu sminimemzměn oproti nativnímu stavu).
• Odvodnění vzorku – dehydratací (etanolová, acetonová řada) a sušení (pomocí látek s nízkým povrchovýmnapětím(např. HMDS) nebo s využitímkritického bodu (tzv. CPD)).
• Fyzikální (mrazové)metody, kde se nativní stav vzorku zachovává velmi rychlýmzmražením, velmi pomáhá následná sublimace vodních par a v současné době jde o nejdokonalejší způsob přípravy biologických a senzitivních vzorků s obsahemvody.
• Pokovení povrchu preparátu (např. Au, Pt,W) pro zvýšení signálu.